MacPorts 2.0.0 が Lion 用にリリースされてます

Xcode 4.1 にしたら MacPorts も 2.0.0 にアップデートが必用です。
ココからダウンロードしてインストール。
その後はいつも通りのコマンドでアップデート。

Last login: Fri Jul 22 13:24:59 on ttys000
paraches-iMac:~ paraches$ sudo port selfupdate
Password:
--->  Updating the ports tree
--->  Updating MacPorts base sources using rsync
MacPorts base version 2.0.0 installed,
MacPorts base version 2.0.0 downloaded.
--->  MacPorts base is already the latest version

The ports tree has been updated. To upgrade your installed ports, you should run
  port upgrade outdated
paraches-iMac:~ paraches$